El avance de la Investigacción se genera desde el mismo momento de los orígenes de la creación de la Facultad de Ciencias y se ha incrementado progresivamente en estos últimos años en cada una de las unidades académicas que la conforman; acumulándose en estos ocho años más de 186 publicaciones ISI. En estos últimos 3 años, los aportes económicos de la Universidad de Valparaíso están financiado 27 proyectos de Investigación aún en ejecución, e instituciones externas como FONDECYT, ANILLOS, PBCT continúan financiando 18 proyectos a distintos grupos de investigadores. Esto significa que la Facultad de Ciencias, aporta sobre el 50% del total de Proyectos y publicaciones de la Universidad de Valparaíso.
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